Facultad de Ciencias Naturales y Exactas

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  • Objetivos Open or Close

    Objetivo general:

    Implementar un flujo de trabajo para la preparación y análisis de muestras de microorganismos y virus utilizando un enfoque de genoma completo y metabarcoding empleando la tecnologia de secuenciación de Oxford Nanopore (ONT)

    Objetivos especificos:

    1. Secuenciación de librerias de amplicones de acidos nucleicos usando ONT
    2. Secuenciación de librerias de genomas completos usando ONT
    3. Analisis bioinformatico para el ensamblaje de lecturas largas obtenidas de ONT
  • Dirigido a Open or Close

    Profesionales, científicos y técnicos en ciencias basicas y de la salud que planeen aplicar la tecnología de secuenciación de Nanopore de Oxford en sus laboratorios y/o proyectos.

    El curso está diseñado para que los participantes conozcan y actualicen los conceptos de secuenciación de alto rendimiento empleando la tecnología de nanoporos, asi como las herramientas computacionales relacionadas con el análisis de este tipo de datos. Al final de curso, se espera que cada participante, este en la capacidad de diseñar y realizar
    un experimento empleando tecnologías de Oxford Nanopore que permita llevar a cabo la identificación y ensamblaje de un microorganismo o virus.

    Los logros que alcanzará el participante son:

    • Preparar librerías del material genómico para los enfoques de amplicón o del genoma completo para la secuenciación de
      nanoporos.
    • Ejecutar dispositivos ONT y evaluar el rendimiento de la secuenciación durante una ejecución.
    • Comprender los conceptos básicos del manejo y análisis de datos ONT.
    • Analizar e interpretar los datos del amplicón ONT y datos genómicos completos.
  • Contenidos Open or Close

    1. Introducción a los dispositivos Oxford Nanopore Technologies y la secuenciación de alto rendimiento.

    • Introducción a la secuenciación de nanoporos y a los dispositivos de ONT
    • Diseño de un experimento ONT

     

    2. Capacitación para la preparación de las librerías para la secuenciación de Nanopore

    • Preparación de librerías
    • Secuenciación: Revisión de Hardward, Flow cell, carga de celdas de flujo y librerías, y Configuración de parámetros en el
      MinKNOW

     

    3. Ejecución de MinKNOW y manejo de datos de secuenciación en tiempo real

    • Análisis de datos bioinformáticos:
      • Basecalling con Guppy
      • Exploración de la longitud de lectura y la distribución de la puntuación de calidad
      • Asignación de los datos filtrados a una referencia
      • Visualización de la alineación
      • Ensamblaje de novo
      • Determinación de la calidad del ensamblaje

 

Inversion: 0,5 SMMLV

Fecha límite de pago: 1 de diciembre de 2022

Requisitos:

  • Copia de la cédula
  • Certificado de afiliación a la EPS
  • Copia del diploma o acta de grado de pregrado

Modalidad: presencial y virtual
Intensidad horaria: 20 horas teórico/prácticas presenciales (12 horas virtuales y 8 horas presenciales)

Horario: 

  • Lunes 5 de diciembre de 6:30 a 9:30 pm (Primera clase teórica modalidad virtual)
  • Martes 6 de diciembre de 6:30 a 9:30 pm (Segunda clase teórica modalidad virtual)
  • Sábado 10 de diciembre de 8 am a 5 pm con una hora de descanso para el almuerzo (Clase presencial práctica)
  • Lunes 12 de diciembre de 6:30 a 9:30 pm (Clase de análisis de resultados modalidad virtual)
  • Martes 13 de diciembre de 6:30 a 9:30 pm (Última clase teórica modalidad virtual)

 

Docente: Andrés Castillo, Nelson Rivera, Diana López
Coordinador del curso: Oficina de Extensión

Fecha límite de inscripción: 30 de noviembre de 2022

Fechas propuestas para el inicio del Curso*
Fecha de Inicio: 5 de diciembre de 2022
Fecha de Finalización: 13 de diciembre de 2022

Certificado: La Universidad otorgará un certificado de participación, a los estudiantes que cursen como mínimo el 80% de horas programadas.

El inicio del curso está garantizado si se cumple con el numero mínimo de inscritos.

 

Mayor información:
Oficina de Extensión 
Teléfono: +57 (602) 3302461
Correo: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.