Facultad de Ciencias Naturales y Exactas

Slider
  • Descripción Open or Close

    El curso Análisis y ensamblaje de metagenomas se enfocará en métodos computacionales usados para analizar la riqueza de datos producidos por estudios de metagenómica y metatranscriptomica. Este curso le proporcionará información sobre los análisis de microorganismos, desde el preprocesamiento y el control de calidad de los datos r, extraccion del perfil de la comunidad, informacion funcional y la integraccion de estas. Ademas del uso de programas y herramientas bioinformaticas para el ensamblaje de genomas de microorganismos , predicion de genes y anotacion.

  • Objetivos Open or Close

    Objetivos general:

    Aprender y aplicar técnicas bioinformáticas para estudiar comunidades microbianas con enfoques metagenómicos, así como s familiarizarse con las herramientas de análisis bioinformático y poder utilizarlas en la propia investigación después del curso.

    Objetivos específicos:

    • Aprender cómo ejecutar ensamblaje y anotación de metagenómica
    • Realizar análisis metatranscriptómicos
    • Adquirir la capacidad para reconstruir genomas ensamblados de metagenoma y verificar su calidad
    • Comprender cómo obtener ayuda para preguntas tanto genómicas como computacionales
    • Entender el uso de cluster/ servidores para alto procesamiento empleando un gestor de tareas

  • Metodología Open or Close

    El curso tiene una duración de 20 h, repartidos en 4 horas diarias durante 5 días. Se llevará a cabo de forma teórico-práctico para que los estudiantes puedan en el futuro reproducir y adaptar los análisis vistos en clase a situaciones propias.

  • Dirigido a Open or Close

    Profesionales, investigadores o estudiantes de posgrado preferiblemente que se encuentren realizando o planeen realizar investigaciones que requieran del análisis bioinformática de datos derivados de estudios de metagenómica, metetranscriptomica y ensamblaje de genomas.

  • Programa y contenidos Open or Close

    Día 0. Guía cero.

    1. Bash e Instalación de softwares para análisis metagenómicos
    2. Video sobre la secuenciación masiva (30 min)

    • Secuenciación Illumina
    • Tipos de formatos: Fastqc


    Día 1.

    1. ¿Qué es la Metagenómica – Metatranscriptómica? (30 min)
    2. Control de calidad (30 min)

    • Lecturas sin procesar de filtrado de calidad
    • Visualización con FastQC
    • Recorte de lectura y eliminación de adaptadores
    • Diagnóstico de bibliotecas deficientes
    • Problemas comunes y mejores prácticas

    3. Análisis Metatranscriptómicos (1 hora)

    • Preprocesamiento: Control de calidad, Limpieza de datos, Filtrado de fragmentos de ARN ribosómico, Lecturas directas e inversas entrelazadas
    • Extracción del perfil de la comunidad: Extraer la abundancia en los diferentes niveles taxonómicos y Visualización de la estructura de la comunidad
    • Información funcional: Normalizar las abundancias, Identificar las familias de genes involucradas en las vías, Agrupar las abundancias en términos GO delgados
    • Combinar información taxonómica y funcional

    4. Guía para análisis metatranscriptómicos usando Galaxy (1 hora y tarea)

     

    Día 2.

    5. Revisión del flujo de trabajo bioinformático de tarea (30 min)

    6. Identificación taxonómica, revisión de diferentes programas (30 min)

    7. Ensamblaje y Evaluación usando diferentes bases de datos bioinformáticas (3 horas)

    • Elección de ensambladores: consideraciones sobre los parámetros.
    • Explorar las opciones del ensamblador
    • Enviar trabajos a CIBIOFI a través del gestor de trabajos Condor
    • Ejecutar el ensamblaje usando MetaSPAdes/MegaHit
    • Evaluación de ensamblaje usando MetaQuast

     

    Día 3.

    8. Parámetros y estrategias clave para agrupar

    • Mapeo
    • Obtener perfiles de cobertura para contigs ensamblados mediante mapas de lectura
    • Ordenaciones de nuestros datos agrupados usando VizBin
    • Binning y bin check para recuperar genomas individuales

    Día 4.

    9. Predicción de genes (1hora)

    • Predicción de genes usando prodigal, y otras herramientas (RNAmer, Aragorn, etc)
    • Predecir marcos de lectura abiertos y secuencias de proteínas

    10. Anotación (3 horas)

    • Anotación de genes usando diamond y hmmer
    • Discusión: Evaluando la calidad de la asignación de genes
    • Discusión: Diferencias en taxonomías (GTDB, NCBI etc)

    Día 5.

    11. Anotación genética (parte 2) (3 horas)

    • Uso de recursos en línea (por ejemplo, KEGG, BioCyc, MetaCyc, HydDB, PSORT)
    • Ver la anotación de KEGG en el sitio web de KEGG

    12. Discusión final

Inversion: 0.5 SMMLEV ($450.000 COP)

Fecha límite de pago: por definir

Requisitos: 

  • Fotocopia de la Cédula
  • Fotocopia de la EPS
  • Fotocopia del Diploma o Acta de grado de pregrado

Fecha límite de inscripción y envío de documentos: por definir

Fechas propuestas para el inicio del Curso*
Fecha de Inicio: por definir
Fecha de Finalización: por definir

Intensidad horaria: 20 horas (4 horas diarias durante 5 sábados) 
Horario: sábados de 8:00 a.m. a 12:00 m.
Modalidad: virtual
Docentes: Diana López y Nelson Rivera
Coordinador del curso: 
Andrés Castillo y Oficina de Extensión

Certificado: se otorga certificado de asistencia a las personas que tengan una participación de al menos 80% de las horas programadas.

* El inicio del curso está garantizado si se cumple con el número mínimo de inscritos.

Mayor información:
Oficina de Extensión 
Teléfono: +57(2) 3302461
Correo: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.