1. Introducción a los dispositivos Oxford Nanopore Technologies y la secuenciación de alto rendimiento.

• Introducción a la secuenciación de nanoporos y a los dispositivos de ONT
• Diseño de un experimento ONT

2. Capacitación para la preparación de las librerías para la secuenciación de Nanopore

• Preparación de librerías
• Secuenciación: Revisión de Hardward, Flow cell, carga de celdas de flujo y librerías, y Configuración de parámetros en el
  MinKNOW

3. Ejecución de MinKNOW y manejo de datos de secuenciación en tiempo real

• Análisis de datos bioinformáticos:

• • Basecalling con Guppy
  • Exploración de la longitud de lectura y la distribución de la puntuación de calidad
  • Asignación de los datos filtrados a una referencia
  • Visualización de la alineación
  • Ensamblaje de novo
  • Determinación de la calidad del ensamblaje
    
    

Profesionales, científicos y técnicos en ciencias basicas y de la salud que planeen aplicar la tecnología de secuenciación de Nanopore de Oxford en sus laboratorios y/o proyectos.

El curso está diseñado para que los participantes conozcan y actualicen los conceptos de secuenciación de alto rendimiento empleando la tecnología de nanoporos, asi como las herramientas computacionales relacionadas con el análisis de este tipo de datos. Al final de curso, se espera que cada participante, este en la capacidad de diseñar y realizar
un experimento empleando tecnologías de Oxford Nanopore que permita llevar a cabo la identificación y ensamblaje de un microorganismo o virus.

Los logros que alcanzará el participante son:

• Preparar librerías del material genómico para los enfoques de amplicón o del genoma completo para la secuenciación de
  nanoporos.
• Ejecutar dispositivos ONT y evaluar el rendimiento de la secuenciación durante una ejecución.
• Comprender los conceptos básicos del manejo y análisis de datos ONT.
• Analizar e interpretar los datos del amplicón ONT y datos genómicos completos.

Objetivo general:

Implementar un flujo de trabajo para la preparación y análisis de muestras de microorganismos y virus utilizando un enfoque de genoma completo y metabarcoding empleando la tecnologia de secuenciación de Oxford Nanopore (ONT)

Objetivos especificos:

1. Secuenciación de librerias de amplicones de acidos nucleicos usando ONT
2. Secuenciación de librerias de genomas completos usando ONT
3. Analisis bioinformatico para el ensamblaje de lecturas largas obtenidas de ONT