El curso Introducción a la Metagenómica se enfocará en métodos computacionales usados para analizar la riqueza de datos producidos por estudios de metagenómica y metabarcoding (secuenciación de amplicones). Este curso le proporcionará información sobre los análisis metabarcoding, desde el preprocesamiento y el control de calidad de los datos sin procesar hasta la construcción de tablas OTU/ASV, asignación de taxón, análisis de diversidad y análisis de abundancia diferencial utilizando QIIME2 y paquetes de R project. Además, también aprenderá sobre métodos para generar el perfil basado en referencias para generar características de la comunidad microbiana como abundancias taxonómicas o perfil funcional y cómo identificar las que caracterizan las diferencias entre dos condiciones biológicas.

Objetivos general:

El curso tiene como objeto proporcionar herramientas a través de métodos computacionales necesarios para analizar la riqueza de datos producidos por estudios de metagenómica y metabarcoding (secuenciación de amplicones).

Objetivos específicos:

• Conocer las herramientas disponibles para análisis de datos metabarcoding y metagenómica
• Interpretar características taxonómicas y funcionales de datos metagenómicos
• Generar tablas ASV/OTU, además de la asignación de taxonomía y realización de análisis de diversidad
• Aplicar control de calidad de los datos metagenómicos

El curso tiene una duración de 20 h, repartidos en 4 horas diarias durante 5 días. Está compuesto por 10 módulos teórico-prácticas. Se llevará a cabo de forma teórico-práctico para que los estudiantes puedan en el futuro reproducir y adaptar los análisis vistos en clase a situaciones propias.

Día 1.

1. ¿Qué es la Metagenómica?

2. Instalación de softwares para análisis metagenómicos

3. Introducción a las ciencias OMICAS y META-OMICAS

• Introducción a NGS “Next Generation Sequencing”
• Secuenciación Illumina
• Tipos de formatos: Fastqc

Día 2.

3. Introducción a las ciencias OMICAS y META-OMICAS (Parte 2)

• Bioinformática y ómicas
 Las ómicas: Genómica, Transcriptómica, Proteómica, Metabolómica
 Las Meta-ómicas: Metagenómica, Meta-transcriptómica, Metaproteómica

4. Introducción a las bases de datos en metagenómica

• Bases de datos bioinformáticas
• Bases de datos metagenómicas
• Programas online para metagenómica

5. Introducción al análisis de datos en metagenómica

• Uso de MG-RAST

Día 3.

6. Métodos para el análisis e interpretación de los datos en metagenómica

• Pre-procesamiento de lecturas
• Agrupamiento de secuencias basadas en similitud
• Asignación taxonómica
• Análisis de Diversidad

7. Ecología microbiana comparativa

• Uso del programa Qiime2 y R project

Día 4.

7. Ecología microbiana comparativa II

• Continuación en el uso del programa Qiime2
• Uso de paquetes de R para el estudio metagenómico

Día 5.

8. Ecología microbiana comparativa III

• Continuación en el uso del programa Qiime2
• Uso de paquetes de R para el estudio metagenómico

9. Discusión acerca de los desafíos y fallas en metagenómica"