Facultad de Ciencias Naturales y Exactas

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  • Descripción Open or Close

    El curso Introducción a la Metagenómica se enfocará en métodos computacionales usados para analizar la riqueza de datos producidos por estudios de metagenómica y metabarcoding (secuenciación de amplicones). Este curso le proporcionará información sobre los análisis metabarcoding, desde el preprocesamiento y el control de calidad de los datos sin procesar hasta la construcción de tablas OTU/ASV, asignación de taxón, análisis de diversidad y análisis de abundancia diferencial utilizando QIIME2 y paquetes de R project. Además, también aprenderá sobre métodos para generar el perfil basado en referencias para generar características de la comunidad microbiana como abundancias taxonómicas o perfil funcional y cómo identificar las que caracterizan las diferencias entre dos condiciones biológicas.

  • Objetivos Open or Close

    Objetivos general:

    El curso tiene como objeto proporcionar herramientas a través de métodos computacionales necesarios para analizar la riqueza de datos producidos por estudios de metagenómica y metabarcoding (secuenciación de amplicones).

    Objetivos específicos:

    • Conocer las herramientas disponibles para análisis de datos metabarcoding y metagenómica
    • Interpretar características taxonómicas y funcionales de datos metagenómicos
    • Generar tablas ASV/OTU, además de la asignación de taxonomía y realización de análisis de diversidad
    • Aplicar control de calidad de los datos metagenómicos

  • Metodología Open or Close

    El curso tiene una duración de 20 h, repartidos en 4 horas diarias durante 5 días. Está compuesto por 10 módulos teórico-prácticas. Se llevará a cabo de forma teórico-práctico para que los estudiantes puedan en el futuro reproducir y adaptar los análisis vistos en clase a situaciones propias.

  • Programa y contenidos Open or Close

    Día 1. 31 de Octubre de 2020

    1. ¿Qué es la Metagenómica?

    2. Instalación de softwares para análisis metagenómicos

    3. Introducción a las ciencias OMICAS y META-OMICAS

    • Introducción a NGS “Next Generation Sequencing”
    • Secuenciación Illumina
    • Tipos de formatos: Fastqc

     

    Día 2. 7 de Noviembre de 2020

    3. Introducción a las ciencias OMICAS y META-OMICAS (Parte 2)

    • Bioinformática y ómicas
     Las ómicas: Genómica, Transcriptómica, Proteómica, Metabolómica
     Las Meta-ómicas: Metagenómica, Meta-transcriptómica, Metaproteómica

    4. Introducción a las bases de datos en metagenómica

    • Bases de datos bioinformáticas
    • Bases de datos metagenómicas
    • Programas online para metagenómica

    5. Introducción al análisis de datos en metagenómica

    • Uso de MG-RAST

     

    Día 3. 14 de Noviembre de 2020

    6. Métodos para el análisis e interpretación de los datos en metagenómica

    • Pre-procesamiento de lecturas
    • Agrupamiento de secuencias basadas en similitud
    • Asignación taxonómica
    • Análisis de Diversidad


    7. Ecología microbiana comparativa

    • Uso del programa Qiime2 y R project


    Día 4. 21 de Noviembre de 2020

    7. Ecología microbiana comparativa II

    • Continuación en el uso del programa Qiime2
    • Uso de paquetes de R para el estudio metagenómico

     

    Día 5. 28 de Noviembre de 2020

    8. Ecología microbiana comparativa III

    • Continuación en el uso del programa Qiime2
    • Uso de paquetes de R para el estudio metagenómico


    9. Discusión acerca de los desafíos y fallas en metagenómica"

Inversion: 0.5 SMMLEV ($438.500 COP)

Fecha límite de pago: un día antes del inicio

Requisito: Fotocopia documento de identidad

Fecha límite de inscripción y envío de documentos: 15 de octubre de 2020

Fechas propuestas para el inicio del Curso*
Fecha de Inicio: 31  de octubre de 2020
Fecha de Finalización: 28 de noviembre de 2020

Intensidad horaria: 20 horas (4 horas diarias durante 5 sábados) 
Horario: sábados de 8:00 a.m. a 12:00 m.
Modalidad: virtual
Docentes: Diana López y Nelson Rivera
Coordinador del curso: 
Andrés Castillo y Oficina de Extensión

Certificado: se otorga certificado de asistencia a las personas que tengan una participación de al menos 80% de las horas programadas.

* El inicio del curso está garantizado si se cumple con el número mínimo de inscritos.

Mayor información:
Oficina de Extensión 
Teléfono: +57(2) 3302461
Correo: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.