Facultad de Ciencias Naturales y Exactas

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    Día 1

    • Presentación del curso y de los asistentes (30 minutos)
    • Introducción a la bioinformática (teoría, 1.5 horas)
    • Introducción a las ciencias “omicas” y meta (omicas) (teoría, 2 horas)
    • Bases de datos en bioinformática (practica, 4 horas)

     

    Día 2

    • Continuación bases de datos en bioinformática (practica 3 horas)
    • Introducción a metagenómica y diseño de experimentos (teoría, 1 hora)
    • Técnicas de secuenciamiento para metagenómica (teoría, 1 hora)
    • Introducción al análisis de datos en metagenómica (teoría, 1 hora)
    • Sometimiento de secuencias y metadatos a ENA (teoría, 1 hora)
    • Metagenómica y sus aplicaciones (teoría, 1 hora)

     

    Día 3

    • Bases de datos en metagenómica (practica, 5 horas)
    • Introducción a estadística multivariada (teoría, 1 hora)
    • Ecología microbiana comparativa (teoría, 1 hora)
    • Ecología microbiana comparativa (práctica, 1 hora)

     

    Día 4

    • Ecología microbiana comparativa (práctica, 6 horas)
    • Herramientas online para la visualización de matrices (práctica, 2 horas)

     

    Día 5

    • Metagenómica aplicada al estudio de la interacción parásito-vector (teoría, 1 hora)
    • “omicas” aplicadas al estudio de la interacción patógeno-hospedero (teoría, 1 hora)
    • Trabajo con estudiantes (práctica, 6 horas)
    • Discusión acerca de los desafíos y fallas en metagenómica
  • Dirigido a Open or Close

    Investigadores y estudiantes que deseen capacitarse manejo de datos para estudios de diversidad microbiana y metagenómica.

  • Metodología Open or Close

    El curso se realizará mediante sesiones magistrales y principalmente sesiones practicas en salas de computo

  • Descripción Open or Close

    El curso “Bioinformática y metagenómica aplicada al estudio de microbiomas” esta orientado hacia el manejo de información relacionada con datos para el estudio de diversidad microbiana y metagenómica. En este curso se ilustrará a los participantes en el manejo de bases de datos bioinformáticas públicas con el fin de interpretar datos metagenómicos, incluyendo enfoques basados en marcadores génicos, así como en la técnica “whole genome shotgun sequencing”. El análisis de datos basados en marcadores génicos se llevará a cabo por medio del software R, el cual se utilizará para conducir análisis multivariados aplicando conceptos de ecología microbiana para explorar y comparar sets de datos. Se harán talleres demostrativos de aplicación de la ecología microbiana comparativa y casos de estudio la interacción insecto-bacteria y patógeno-vector. También se realizarán discusiones acerca de los desafíos y perspectivas de la metagenómica.

  • Objetivos Open or Close

    Objetivo General

    Introducir a los participantes en el manejo de conceptos y herramientas bioinformáticas para el análisis metagenómico.

    Objetivos Específicos

    • Identificar los conceptos básicos y herramientas bioinformáticas disponibles para el análisis metagenómico.
    • Adquirir habilidades para la formulación de proyectos de investigación en el área de metagenómica.

     

Docentes

  • Yesid Cuesta Open or Close


     

    Correo : Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Profesor (catedra) e investigador Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia.

    Asesor en proyectos que implementan el uso de tecnologías “omicas” en ICMT (Instituto Colombiano de Medicina Tropical) y Universidad de Antioquia, Medellín, Colombia.

    Línea de investigación

    Interacción patógeno-hospedero desde el estudio de la diversidad de proteínas y la biología de sistemas por medio del uso de la biología computacional y la integración de diversos datos provenientes de las tecnologías “omicas”. Igualmente tengo la capacidad para trabajar con grupos de investigación que se especializan en diferentes problemas biológicos y sistemas.

     

    Educación

    • 2011-2015 Universidad Federal de Minas Gerais – FIOCRUZ, Brasil Doctorado en Bioinformática
    • 2009-2012 Universidad de Antioquia, Colombia Maestría en Biología
    • 1999-2005 Universidad del Valle, Colombia Biólogo énfasis en genética

     

    Pasantías

    • 2016-2016 Universidad de Copenhague, Dinamarca Disease Systems Biology Program
    • 2016-2016 Fundación Ciencia y Vida, Chile Laboratorio de Biología Computacional

     

    Experiencia Profesional

    • 2015- Universidad de Antioquia, Colombia Investigador/Profesor
    • 2011-2015 FIOCRUZ, Centro de pesquisas Rene Rachou, Brasil Investigador
    • 2009-2012 Universidad CES, Colombia Profesor (Bioinformática I y II)
    • 2007-2011 Universidad de Antioquia, Colombia Investigador/Profesor
    • 2005-2006 Parquesoft, Colombia Investigador
    • 2005-2006 Universidad del Valle, Colombia Joven investigador

     

    Experiencia Docente

    • 2007-2007 Universidad de Antioquia, Curso Introducción a la bioinformática.
    • 2011-2011 Clínica Medellín, Curso Introducción a la bioinformática para ciencias de la salud.
    • 2009-2012 Universidad CES, Profesor de los cursos Bioinformática I y II.
    • 2013-2013 Universidad Cooperativa Pasto, Curso bioinformática: convirtiendo datos en conocimiento.
    • 2014-2014 Universidad del Valle, Guatemala, Curso aplicación de bases de datos bioinformáticas en áreas agrícolas y de salud.
    • 2015-2015 Universidad Industrial de Santander, Curso bioinformática aplicada al estudio de parásitos y sus vectores.
    • 2017-2017 Universidad de Antioquia, Curso análisis metagenómico aplicado a estudios de microbioma.

     

    Publicaciones seleccionadas

    • Fernando Barraza, Gustavo Salazar, Yesid Cuesta-Astroz , Oscar Restrepo. 2006. Implementación de una arquitectura web para la ejecución de flujos de trabajo en bioinformática. Revista Ingeniería y Competitividad. Editorial Universidad del Valle ISSN 0123-3033 p 34- 45
    • Yesid Cuesta-Astroz, Martha C. Domínguez, Mercedes Salcedo-Cifuentes, Adalberto Sánchez y Felipe García Vallejo. 2008. “Filogenia de la Región del gen POL que codifica por la Integrasa de los Retrovirus” Revista de la Asociación colombiana de ciencias Biológicas. Vol 20.p 192 –207. ISSN0120-4173.
    • Yesid Cuesta-Astroz, Cesar Segura. Métodos proteómicos aplicados al estudio de la malaria: Plasmodium falciparum. Acta Biológica Colombiana, v. 17, p. 463-484, 2012.
    • Cesar Segura, Yesid Cuesta-Astroz, Camila Nunes, Mariano Zalis, Wanda Von Kruger, Paulo Bisch. Caracterización parcial del proteoma del trofozoítos de Plasmodium falciparum bajo tratamiento con quinine, mefloquina y el antiplasmodial natural diosgenona. Biomédica Vol. 34, 2, 2014.
    • Yesid Cuesta-Astroz, Larissa Lopes Silva, Fabiano Sviatopollk-Mirsky Pais, Guilherme Oliveira, Laila Alves Nahum. Evolutionary Analysis of the Cystatin Family in Three Schistosoma Species. Front. Genet. doi: 10.3389/fgene.2014.00206.
    • Yesid Cuesta-Astroz., de Oliveira, F.S., Nahum, L.A., Oliveira, G., Helminth secretomes reflect different lifestyles and parasitized hosts, International Journal for Parasitology (2017), doi: http://dx.doi.org/10.1016/j.ijpara.2017.01.007
    • Adema, C. M. et al. Yesid Cuesta-Astroz. Whole genome analysis of a schistosomiasis transmitting freshwater snail. Nat. Commun. 8, 15451 doi: 10.1038/ncomms15451 (2017).
    • Yesid Cuesta-Astroz, Santos A, Oliveira G, Juhl Jensen L. (2017) An integrative method to unravel the host- parasite interactome: an orthology based approach. (bioRxiv; doi: https://doi.org/10.1101/147868).
    • Yesid Cuesta-Astroz, Guilherme Oliveira. Computational methods to predict host-parasite interactions (2018). Computational Cell Biology – Methods and Protocols, Springer (Capitulo de libro aceptado).

     

  • Luis Martínez Open or Close


     

    CV Lattes (Brasil): http://lattes.cnpq.br/7107300825690181
    e-mail: Esta dirección de correo electrónico está siendo protegida contra los robots de spam. Necesita tener JavaScript habilitado para poder verlo.

    Biosketch

    Ciudadano guatemalteco actualmente trabajando en Brasil. Durante mis estudios de pregrado trabajé para el programa de Entomología Médica del CDC (Centro para el Control de Enfermedades de los USA) con base en Guatemala. El proyecto en cuestión tuvo como objetivo comprender el papel de las aves migratorias en el ciclo natural del virus del Nilo Occidental y su dispersión en las Américas. Después de esto, trabajé como genetista forense identificando a las personas desaparecidas de la guerra civil de Guatemala mediante la genotipificación de muestras óseas y de parientes vivos. Desde 2011 he sido miembro del Instituto René Rachou, Fiocruz MG, Brasil, en donde obtuve el PhD en Ciencias de la Salud Humana. Aquí he trabajado desde entonces centrándome en identificar y comprender los perfiles de la comunidad bacteriana asociada a múltiples vectores artrópodos Neotropicales (por ejemplo, Anopheles aquasalis, Aedes aegypti, y diversos flebotominos) considerando diferentes condiciones experimentales y/o estadíos vida. Mi interés radica particularmente en estudios de metagenómica comparativa y ecología microbiana. Constantemente busco elucidar como el tratamiento adecuado de las matrices de datos, y la elección de métodos de análisis multivariados son elementos clave para interpretar con precisión la interacción biológica entre patógenos y el holobionte vector. Actualmente estoy trabajando en un proyecto que tiene como objetivo evaluar las hipótesis de construcción de nicho por parte de hembras de Ae. aegypti.

     

    Educación

    • 2000 - 2004 Baccalaureatus in Scientiis. Énfasis en Bioquímica. Universidad del Valle de Guatemala. http://www.uvg.edu.gt/
    • 2000 - 2006 Licenciatura en Bioquímica y Microbiología. Universidad del Valle de Guatemala. http://www.uvg.edu.gt/
    • 2011 - 2015 PhD en Ciencias de la Salud Humana. Centro de Pesquisas René Rachou. Fiocruz Minas. Belo Horizonte. MG. Brasil. http://www.cpqrr.fiocruz.br/pg/

     

    Pasantías

     

    Experiencia en investigación

    • 2011-2018 Investigador. Enfocado en el área de Metagenómica y Ecología Microbiana de vectores Neotropicales. Centro de Pesquisas René Rachou. Fiocruz Minas.
    • 2008-2011 Analista en Genética Forense y Director a.i. Fundación de Antropología Forense de Guatemala. http://www.fafg.org/.
    • 2006-2007 Asistente en investigación. Laboratorio de Protección Vegetal y Patología de Plantas en la Universidad del Valle de Guatemala.
    • 2004-2006 Asistente de investigación. Laboratorio de Arbovirología en la Universidad del Valle de Guatemala (Centers for Disease control and Prevention Office for Central America and Panama). http://www.uvg.edu.gt/investigacion/ces/index.html

     

    Experiencia docente

    • 2007-2010 Profesor titular . Bioquímica Humana I-II. Escuela de Nutrición. Universidad Francisco Marroquín. https://nutricion.ufm.edu/
    • 2006 Instructor de Laboratorio. Bioquímica Humana I-II. Escuela de Nutrición. Universidad Francisco Marroquín. https://nutricion.ufm.edu/
    • 2014-2014 Universidad del Valle, Guatemala, Curso aplicación de bases de datos bioinformáticas en áreas agrícolas y de salud.
    • 2015-2015 Universidad Industrial de Santander, Colombia. Curso bioinformática aplicada al estudio de parásitos y sus vectores.
    • 2017-2017 Universidad de Antioquia, Colombia. Curso análisis metagenómico aplicado a estudios de microbioma.

     

    Revisor de revistas científicas

    • 2015 – Presente: PLoS Neglected Tropical Diseases (Online)
    • 2015 – Presente: Plos One

     

    Publicaciones seleccionadas

    VILLEGAS, LUIS E. M.; CAMPOLINA, THAIS B. ; BARNABE, NILTON R. ; ORFANO, ALESSANDRA S. ; CHAVES, BARBARA A. ; NORRIS, DOUGLAS E. ; PIMENTA, PAULO F. P. ; SECUNDINO, NAGILA F. C . Zika virus infection modulates the bacterial diversity associated with Aedes aegypti as revealed by metagenomic analysis. PLoS One JCR , v. 13, p. e0190352, 2018.

    PIRES, ANA CLARA ARAÚJO MACHADO ; VILLEGAS, LUÍS EDUARDO MARTINEZ ;CAMPOLINA, THAÍS BONIFÁCIO ; ORFANÓ, ALESSANDRA SILVA ; PIMENTA, PAULO FILEMON PAOLUCCI ; SECUNDINO, NÁGILA FRANCINETE COSTA . Bacterial diversity of wild-caught Lutzomyia longipalpis (a vector of zoonotic visceral leishmaniasis in Brazil) under distinct physiological conditions by metagenomics analysis. Parasites & Vectors  JCR, v. 10, p. 627, 2017.

    MONTEIRO, CC; VILLEGAS, LM; CAMPOLINA, TB; PIRES, ACM; MIRANDA, JC; PIMENTA, PFP; SECUNDINO, NFC. Bacterial diversity of the American sand fly Lutzomyia intermedia using high-throughput metagenomic sequencing. Parasites & Vectors, v. 9, p. 480, 2016.

    PIMENTA, PAULO FP; ORFANO, ALESSANDRA S ;BAHIA ANA C; DUARTE, ANA PM; RÍOS- VELÁSQUEZ, CLAUDIA M. MELO, FABRÍCIO F; PESSOA, FELIPE AC; OLIVEIRA, GISELLE A; CAMPOS, KEILLEN MM; VILLEGAS, LUIS MARTÍNEZ, RODRIGUES, NILTON, BARNABÉ; NACIF-PIMIENTA, REFAEL; SIMOES, REJANE C; MONTEIRO, WUELTON M; AMINO, ROGERIO; TRAUB-CSEKO, YARA M; LIMA, JOSÉ BP; BARBOSA, MARIA GV; LACERDA, MARCUS VG; TADEI, WANDERLI P; SECUNDINO, NÁGILA FC. An overview of malaria transmission from the perspective of Amazon Anopheles vectors. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz(Impresso), v. 110,p. 23-47, 2015.

    VILLEGAS, LUIS MARTÍNEZ; PIMENTA, PAULO FILEMON PAOLUCCI. Metagenomics, paratransgenesis and the Anopheles microbiome: a portrait of the geographical distribution of the anopheline microbiota based on a meta- analysis of reported taxa. Memórias do Instituto Oswaldo Cruz (Impresso), v. 109, p. 672-684, 2014.

Inversión: $620.000
Egresados Univalle 10% de descuento

Requisitos:

  • Fotocopia de la cédula
  • Certificado de afiliación a la EPS
  • Fotocopia del diplomado o acta de grado de pregrado

Intensidad horaria: 40 horas presencial
Duración: 5 días
Horario: 8:00 a.m. a 12:00 p.m y  2:00 p.m. a 6:00 p.m.
Coordinador del curso: Profesora Neyla Benitez Campo, Ph.D.

Inscripciones: hasta el 16 de octubre de 2018

Fechas propuestas para el inicio del Diplomado
Fecha de Inicio: 22 de octubre de 2018
Fecha de Finalización: 26 de octubre de 2018

* El inicio del curso/diplomado está garantizado si se cumple con el número mínimo de inscritos.

Certificado por asistencia: debe asistir como mínimo al 80% de las horas